直肠息肉的发生原因至今未明，一般认为与下列因素有关：
(1) 饮食因素：饮食因素与直肠息肉的形成有一定关系，特别是细菌和胆酸相互作用，可能是腺瘤性息肉形成的基础。
(2) 遗传因素：一般认为，息肉形成与基因突变和遗传因素有密切关系，从目前研究情况表明，突变基因可以由父母遗传给后代子女，在遗传机会上男女是均等的，没有性别的差异。
(3) 炎症刺激：直肠粘膜长期被炎症刺激；可引起肠粘膜的息肉生成，这是由于肠粘膜的炎症充血水肿，糜烂溃疡愈合之后，导致疤痕逐渐收缩，形成息肉状，又由于慢性炎症刺激，致腺体阻塞，粘液储留而发病。
(4) 粪便、异物刺激和机械性损伤：粪便粗渣和异物长期刺激肠粘膜上皮，以及其它原因造成直肠粘膜损伤，使细胞出现异常增生，形成息肉。
